从1998年起，该校先后参与了上地实验小学、海淀外国语实验学校小学寄宿部等的办学。后来，该校接连合并成府小学、西北旺小学，建设了华清校区。从最初的一个校址，发展到参与7个学校或校区建设，中关村二小坚持“一个二小、一个标准、一个质量”的理念，让每一个校址的学生都得到同样的教育，实现了三个校区“深度融合、协调一致、同步共进、稳步提升”，成为“一校多址”的品牌学校。